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“有机肥替代化肥”试点企业通常有补贴。以福建省为例，纳入省级“有机肥替代化肥”试点企业，最高可获200万元/年补助。此外，不同地区还有多种补贴形式：

按生产量补贴：部分地区如沈阳市对有机肥生产按生产量给予补助，例如不超过50元/吨，项目总金额不超过1000万元。

按使用量补贴：如福建省对商品有机肥示范推广项目，每亩施用量达到250公斤以上，每亩补贴不超过100元。

设备器具税前扣除：对企业新购入500万元以下设备、器具的支出，允许在当年一次性税前扣除。

畜禽粪污资源化利用补贴：规模化养殖场配套有机肥厂，可申请粪污处理设施补贴(中央财政补贴≤总投资的30%)。

绿肥及商品有机肥示范推广项目补贴：安排专项资金用于支持绿肥种植和商品有机肥的示范推广，促进有机肥技术的研发和应用。

补贴申请通常需要企业具备独立法人资格、正规肥料登记证，并通过质检部门抽查。申请材料一般包括企业营业执照、肥料登记证、产品检测报告、销售合同等。项目承建单位需逐级申报立项，经乡镇(街道)、区县(市)农业农村局审核后上报。项目验收时须选择综合评价等级在2A以上的第三方审计机构对项目单位有机肥生产量进行认定，出具审计报告作为核定项目补助的依据。