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   堆肥为处理各种废弃物使之无害化和资源化的一种有效途径，利用堆肥去除畜禽粪便中有害污染物也能起到一定作用。堆肥可以明显的降低粪便中抗生素浓度。

   据了解，目前的堆肥工艺如果控制得好，一般可以降解畜禽粪便抗生素残留的70%-80%，除堆肥以外，还可以通过厌氧沼气发酵的方式降解畜禽粪便有机肥中抗生素残留的30%-40%。通过在堆肥过程中添加抑制剂或者嗜热菌剂等途径改善堆肥条件便可以尽可能防止抗生素抗性基因进入土壤环境，降低抗生素抗性基因这种新型环境污染物的污染水平。 　

   在实际堆肥生产中，一般会选择添加调理剂来调节堆肥效果，比如锯末、稻草、秸秆等即具有高的含碳量，在好氧堆肥特别是鸡粪堆肥中应用最为广泛。另外，通过加入嗜热菌剂等微生物菌剂也可显着提高堆体温度，延长高温持续的时间。

　在堆肥过程中，四环素类抗生素可实现快速降解，从而有效降低四环素类抗生素残留带来的环境风险。有研究表明，经过猪粪+麦秸、鸡粪+麦秸两种方式分别高温堆肥后，畜禽粪便中四环素类抗生素（四环素、土霉素、金霉素）降解率分别为75.6%-85.97%和66.56%-82.44%。而对于抗生素的降解机理，抗生素在堆肥过程中浓度降低，并非完全是微生物降解的结果，有机物吸附、堆肥温度及抗生素自降解等非生物因素均存在影响。