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农业农村部2025年对新建有机肥厂的补贴政策主要包括税收优惠、专项补贴及项目支持等多维度扶持措施，具体如下：

一、税收优惠政策

增值税免征：对纳税人生产销售和批发、零售有机肥料、有机-无机复混肥料和生物有机肥免征增值税。

增值税退税：对农作物秸秆、林业三剩物综合利用产品，实行一定比例的增值税退税政策。

小微企业优惠：享受减半征收企业所得税优惠政策的小微企业年应纳税所得额上限从50万元提高至100万元。

设备器具税前扣除：对企业新购入500万元以下设备、器具的支出，允许在当年一次性税前扣除。

研发费用扣除：取消企业委托境外研发费用不得加计扣除限制。

亏损结转年限延长：将高新技术企业和科技型中小企业亏损结转年限由5年延长到10年。

职工教育经费税前扣除：将一般企业的职工教育经费税前扣除限额与高新技术企业的限额统一，从2.5%提高至8%。

二、专项补贴政策

生产原料：需以畜禽粪便、农作物秸秆等农业废弃物为主要原料，禁止使用粉煤灰、污泥、生活垃圾(经分类陈化的厨余废弃物除外)等存在安全隐患的物料。

产品质量：生产的商品有机肥需符合国家或部颁标准，如《有机肥料》(NY/T 525)或《生物有机肥》(NY 884)标准，且产品经质检部门抽查合格。

生产规模：年生产规模需达到一定量，例如年产10000吨以上，且需具备正规的肥料产品登记证。

地区补贴差异：

按生产量补贴：部分地区如沈阳市对有机肥生产按生产量给予补助，例如不超过50元/吨，项目总金额不超过1000万元。

按使用量补贴：如福建省对商品有机肥示范推广项目，每亩施用量达到250公斤以上，每亩补贴不超过100元。

绿色循环农业项目：纳入省级“有机肥替代化肥”试点企业，最高可获200万元/年补助。

畜禽粪污资源化利用：规模化养殖场配套有机肥厂，可申请粪污处理设施补贴(中央财政补贴≤总投资的30%)。

三、项目支持政策

绿肥及商品有机肥示范推广项目：安排专项资金用于支持绿肥种植和商品有机肥的示范推广，促进有机肥技术的研发和应用。

申报流程：项目承建单位需逐级申报立项，经乡镇(街道)、区县(市)农业农村局审核后上报。项目验收时须选择综合评价等级在2A以上的第三方审计机构对项目单位有机肥生产量进行认定，出具审计报告作为核定项目补助的依据。

质量监管：实施质量抽检、留样封存制度，对不合格产品终止补贴并追责。任何部门、单位不得挤占、挪用专项补助资金，确保专款专用，及时拨付。项目承建单位有弄虚作假、骗取财政资金等违法违规行为，将取消其补助资格，收回补助资金，承担相应法律责任。

四、补贴申请条件

企业资质：申请补贴的生产企业需要具备独立的法人资格，合法经营，并具有正规的肥料产品登记证，且产品经质检部门抽查合格。

生产要求：每年还需经市农业部门组织的肥料产品正规小区试验，肥效显著，且为本地使用量较大的肥料生产企业。