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农业化肥税收优惠政策主要包括以下方面：

一、增值税减免政策

有机肥免征增值税

对纳税人生产销售和批发、零售的有机肥料、有机-无机复混肥料和生物有机肥免征增值税。

对农作物秸秆、林业三剩物综合利用产品实行一定比例的增值税退税政策，鼓励资源循环利用。

化肥原料复混肥免税

用免税化肥成本占比超70%的复混肥(含复合肥、混配肥)免征增值税。

尿素增值税先征后退

2001-2002年尿素生产销售实行增值税先征后退政策(2001年全额退还，2002年退还50%)，2003年起停止退税。

二、企业所得税优惠政策

小微企业减半征收

年应纳税所得额上限100万元以内的小型有机肥企业，可享受企业所得税减半征收优惠。

亏损结转年限延长

高新技术企业和科技型中小有机肥企业亏损结转年限由5年延长至10年。

三、其他税收优惠

设备器具税前扣除

新购入500万元以下设备器具支出，允许一次性税前扣除。

研发费用加计扣除

取消企业委托境外研发费用不得加计扣除限制，鼓励加大研发投入。

职工教育经费扣除

一般企业职工教育经费税前扣除限额从2.5%提高至8%，与高新技术企业标准统一。

印花税减免

农民、家庭农场等购买农资或销售农产品的买卖合同，免征印花税。

耕地占用税优惠

占用园地、林地等农用地建设农业生产设施的，免征耕地占用税;临时占用耕地复垦可退税。

四、政策适用条件

有机肥企业需具备独立法人资格、合法经营，产品符合国家或部颁标准，持有正规肥料登记证且质检合格。

复混肥企业需确保免税化肥成本占比超70%。

尿素企业需符合特定年份政策要求。